腸躁症與以下幾種疾病有部分共通症狀，因此診斷上可能會有混淆的的情況發生，在此列舉其他可能與腸躁症混肴的其他常見疾病症狀。
1. 發炎性大腸疾病 (Inflammatory bowel disease)
發炎性大腸疾病是一種慢行的腸道發炎，包含潰瘍性大腸炎Ulcerative colitis，與克隆氏症Crohn’s disease。
發炎性大腸疾病沒有單一診斷工具，需要臨床症狀、理學檢查、過去病史、以及各種相關檢查、包含血液生化檢查、內視鏡的檢查、影像學的檢查與病理切片，才能夠做出正確的診斷。
在一個英國的長年研究中發現，腸躁症患者比一般人有更高的機率，在五年後診斷出發炎性大腸疾病。這可能意味著兩種疾病的診斷之間，有共通的表現，甚至可能讓發炎性大腸疾病的患者在早期被診斷為腸躁症。另一方面，發炎性大腸疾病，通常需要幾個月甚至是幾年的時間，才能從相關症狀到確定診斷。
2. 內分泌疾病 (Endocrine disorders)
甲狀腺功能亢進會造成腹瀉；甲狀腺功能低下則容易便秘。因此甲狀腺功能也是腸躁症相關的鑑別診斷之一。
3. 大腸憩室症 (Diverticular disease)
大腸憩室症相當常見，指的是大腸表層凹陷形成囊狀的結構。當憩室發炎的時候，腹痛與排便習慣改變等症狀就會出現，可能跟腸躁症混淆，或是讓原本的腸躁症患者以為自己症狀加劇。
在台灣的大腸憩室症的盛行率也達到14%。另外，從台灣的健保資料庫研究中發現，有腸躁症的患者，可能有較高的機率發生急性憩室發炎。
4. 胰臟酵素缺乏症 (Pancreatic exocrine insufficiency)
最常見造成的胰臟酵素缺乏原因是胰臟的反覆發炎，其中以酒精性胰臟炎最為常見。胰臟酵素缺乏症的症狀，除了容易拉肚子以外，就是吃到油膩的食物拉肚子加劇、排便油膩、不容易沖掉。其他合併症狀包含脂溶性維生素的缺乏、營養不良、低白蛋白血症、低血鈣、貧血等等。診斷上必須透過詳細的病史詢問並配合糞便的檢查。補充胰臟酵素是改善病患症狀的方法之一。
5. 膽酸吸收不良 (Bile acid malabsorption)
膽酸在肝臟被製造後，進入小腸幫助脂肪乳化吸收。在正常的狀況下，95%的膽酸會被小腸吸收，特別是末端迴腸，形成所謂的腸肝循環(Enterohepatic circulation)。剩下的5%膽酸進入大腸，會刺激大腸黏膜分泌電解質、水分，影響大腸的蠕動，縮短大腸蠕動的時間(Transit time)。
如果膽酸吸收不良，過多的膽酸進入大腸，會造成腹瀉、腹脹、排便很急、甚至排便失禁。這樣的診斷，通常跟幾種特殊醫療狀況有關：膽囊切除後、克隆氏症Crohn’s disease合併末端迴腸發炎、或是克隆氏症Crohn’s disease末端迴腸手術切除、慢性胰臟炎、以及小腸細菌增生(Small bowel bacteria overgrowth)等等。治療上面，可以嘗試膽酸的螫合劑(Bile acid sequestrants)。
大概1/3的腹瀉型腸躁症患者有膽酸吸收不良的狀況，相較之下，正常人則只有1%膽酸吸收不良。但是針對膽酸吸收不良，目前臨床上沒有很好的檢驗。腹瀉厲害的患者，可以考慮使用膽酸螫合劑。
6. 子宮內膜異位 (Endometriosis)
子宮內膜異位成因不明，一般以所謂的巧克力囊腫最為人所知。子宮內膜異位的症狀有，經痛、經期腹瀉及疼痛腹脹、排便疼痛、排便排不乾淨、及不孕症。還有其他千奇百怪的症狀如：月經異常拖長、月經時嚴重偏頭痛、下背痛、月經期過敏加重、及不明原因的倦怠等等。
7. 骨盆底功能障礙 (Pelvic-floor disorders)
骨盆底功能障礙(Pelvic floor dysfunction)是便秘的原因之一，肛門括約肌無力(Anal sphincter weakness)則是腹瀉的原因之一。這些跟骨盆底功能相關的排便問題，可以透過臨床症狀與蠕動學的檢查得到診斷。
8. 乳糜瀉 (Celiac disease)
乳糜瀉(Celiac disease)這個疾病跟基因有關，是一種慢性自體免疫相關的疾病，會造成小腸發炎，甚至是腸道的癌症。乳糜瀉在台灣非常少見，以筆者的經驗，也僅僅一位擁有外國血統的患者有疑似乳糜瀉的狀況。
乳糜瀉的症狀跟腸躁症相似，從文獻看來，腸躁症的患者也有較高的比例有乳糜瀉，代表這兩者之間在臨床上並不容易區分。
簡單來說，基因檢測如果是陰性，可以排除乳糜瀉(將近100%)。如果基因檢測陽性，也只有10%的患者真的有乳糜瀉，還需要進一步的血清學檢查 +/-小腸切片。血清學的檢驗與小腸切片，都需要患者吃超過6週，每天3-6克的麩質(每天2-4片吐司)。如果有上述足夠的麩質攝取，血清學檢驗又是陰性，基本上也可以排除乳糜瀉的可能。
